Diagnostická a liečebná starostlivosť  je zameraná hlavne na:

• infekčné črevné  ochorenia
• neuroinfekcie (vrátane meningokokových nákaz a neuroborelióz)
• akútne respiračné vírusové a bakteriálne (i atypické) infekcie a následné stavy
• hepatitídy infekčného pôvodu
• diferenciálnu diagnostiku pečeňových ochorení
• parazitárne nákazy
• septické stavy
• endokarditidy
• importované nákazy
• zoonózy
• mykotické infekcie atď.

Osobitnú skupinu tvoria pacienti vyžadujúci doživotné monitorovanie zdravotného stavu, prípadne doživotnú antiinfekčnú terapiu, vrátane tzv. primárnej a sekundárnej profylaxie.

Oddelenie úzko spolupracuje s mnohými klinickými odbormi najmä vnútorným lekárstvom, pneumológiou, gastroenterológiou, hematológiou, nefrológiou, neurológiou, ale i s chirurgickými odbormi. Lekári oddelenia zároveň poskytujú antibiotickú konziliárnu činnosť v rámci nemocnice i  ostatných nemocníc v rámci siete Sveta zdravia. Veľmi dôležitá je spolupráca pri plnení niektorých preventívnych úloh s odborom epidemiológia.

Vývoj vybraných prenosných ochorení v našom regióne vykazoval a vykazuje stúpajúci trend. Za posledných 10 rokov chorobnosť obyvateľstva v jednotlivých infekčných ochoreniach v našom regióne  je 2 až 6 násobne vyššia v porovnaní s inými regiónmi Slovenska. Chorobnosť na salmonelózy, shigellózy, akútne hepatitídy, meningitídy, Lymskú boreliózu je vôbec jedna z najvyšších v našej krajine.

Výrazný vzostup počtu migrantov z Ázie a štátov bývalého Sovietskeho zväzu a blízky hlavný cestný hraničný prechod z Ukrajiny vo V. Nemeckom hrozí nebezpečenstvom prenosu „klasických“ infekčných ochorení –napr. záškrt, cholera, osýpky, detská obrnu, ale i rôznych druhov meningitíd a AIDS.   Oddelenie prenosných chorôb týmto slúži i ako záchytná clona prenosných ochorení u ilegálnych migrantov.